基因突变与精子畸形有一定的关系，精子畸形在一定程度上会导致男性不孕，自然受孕的几率特别低，通常基因稳定性强，但在一定程度上会发生突变，基因突变的主要原因如下：
1、物理因素，紫外线辐射会对遗传物质造成损害，影响DNA链结构。当DNA复制时，会出现碱基配对错误，导致基因突变和电离辐射。电离辐射能击穿遗传物质，造成DNA断裂损伤，易引起基因突变；
2、在DNA复制过程中，化学因素，如羟胺、亚硝酸化学物质，可将正常碱基替换为错误碱基，导致基因突变；
3、生物因素，如流感病毒、疱疹病毒、细菌等，可破坏人体DNA的正常复制，诱发人体基因突变，同时复制病毒遗传物质。
综上所述，基因突变在一定程度上与精子畸形有关。基因突变不容易治疗，基因突变怀孕的概率会降低。如果你想怀孕，建议你做试管婴儿。你应该更加注意日常生活环境和饮食，加强锻炼，增强身体免疫力。