自然流产及胎停育是常见问题，原因多样，早期（12周内）多为染色体异常所致（50%以上），而这里的染色体异常是指男女双方都有的问题。由于女性染色体异常已经讲过很多次，这次主要分析下男性染色体异常的因素：
染色体异常：
（体细胞或精子。前者做淋巴细胞染色体核型分析，也就是通常看到的染色体核型报告。后者做精子多色荧光原位杂交），包括数目异常（如多一条或少一条染色体）、结构异常（如染色体片段发生缺失、重复、相互易位、罗伯逊易位、臂间倒位等）。
而常被提及的染色体多态性（如大Y或小Y，随体的大小、有无，次级缢痕的增长或缩短等）则与妊娠失败的关系不明确。
精子DNA损伤：
即精子DNA发生单链或双链断裂。原因有精索静脉曲张、电离辐射、生殖毒性药物、氧化反应异常、鱼精蛋白缺乏及吸烟等。DNA损伤的精子仍可授精，精卵结合后卵母细胞有修复精子DNA的功能，如果完全修复，则继续发育，正常妊娠分娩。如果精子DNA损伤严重（与男方的年龄相关，35岁以上重），或卵母细胞修复能力弱（与女方年龄相关），结果可能是自然流产、胎停育或胚胎畸形。检测精子DNA损伤的方法有彗星试验（Comet）和精子染色质扩散试验（SCD）等。
精液常规参数异常：
如精子浓度（少精）、精子活动力（弱精）及精子形态（精子畸形率高，）等与妊娠失败无明确关系。但部分畸形精子，如大头、多尾精子，可能是染色体数目异常的精子，可能造成妊娠失败。
泌尿生殖道感染：如睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎及尿道炎等与妊娠失败也无明确关系。
如遇染色体异常可做遗传咨询，第三代试管婴儿或供精人工授精。关于三代试管婴儿技术，以前都叫PGS和PGD，PGD是对夫妻双方有染色体异常或一方或双方是遗传疾病患者或携带者的胚胎移植前诊断，是判断是否有染色体异常或基因突变等，最初只能诊断出少量的几个特定的染色体异常疾病，如染色体平衡易位，性联锁遗传性疾病，用的诊断方法也是早期的FISH法，FISH法需要特定的探针，只能检测有限的几条染色体，而忽略了其他染色体的检测，比较局限。PGS是胚胎移植前筛查，临床适用范围大大增加，主要是对高龄反复流产的双方染色体都正常的夫妇的胚胎查看有没有染色体结构异常、比如多一条、少一条、或者缺失部分等等，能够单次筛查所有染色体。这其中包括微阵列比较基因组杂交（aCGH）、微阵列单核苷酸多态性（aSNP）、定量聚合酶链反应（qPCR）和下一代高通量测序（NGS）等。